随着各国对大田和盆栽转基因作物研究投入的不断增加，相关研究工作取得了很大进展。在研究过程中，研究人员不仅关注转基因作物能够给人类带来的经济效益，也非常关注转基因作物可能带来的潜在生态风险和环境安全问题。随着研究的深入，越来越多的研究课题被提出，无论是研究的广度还是深度都有了很大的提高。
在研究土壤质量变化的过程中，土壤动物是最重要的敏感生物指标之一。因此，我们应该更加重视外源基因及其表达产物对土壤动物的影响。在研究过程中，科学家以转蛋白酶抑制剂基因番茄为研究对象，对其生长周围土壤中的种群数量和线虫进行了具体研究。通过与对照组比较，发现实验组弹尾虫的种群数量明显减少，而线虫的数量却明显增加。
通过对转凝集素基因马铃薯的盆栽试验，发现与对照组相比，原生动物和鞭毛虫的数量明显减少。不仅如此，研究人员还通过叶片分解试验发现，转凝集素基因马铃薯的原虫类群明显减少。但与对照组相比，可以看出线虫的生长期没有差异。土壤中有大量的螨虫。它们主要分布在土壤的上层，以植物残体和真菌为其生存食物。螨类的存在有利于土壤生态系统中有机质的循环，是评价转基因作物对土壤生态系统安全性的重要生物。
科学家发现，转Cry1Ac蛋白基因的棉田对土壤螨类没有明显影响，密度和多样性指数基本没有大的变化。
然而一些科学家在研究过程中并没有直接给捕食螨喂食Cry1Ac蛋白转基因棉花粉。一段时间后，发现花粉会对捕食螨产生很大的影响。也有研究表明，Bt蛋白能抑制粉尘螨、尘螨等螨虫的生长。
