面对孙悟空的时候也非常的热情,直接把孙悟空给迎进了洞,还给孙悟空起了名字,可是在整整7年之中却不教孙悟空任何的法术,也不教他一点点功夫,就只是让孙悟空去砍柴烧火,在之后孙悟空偷了烂桃山的桃子,后来老祖才传了孙悟空法术,但又拿出来了一些功夫,让孙悟空选。
孙悟空也算是好不容易才知道原来敲自己头,原来就是让自己半夜三更去偷偷的学法术,孙悟空也算是学到了长生不老术,也学会了七十二变以及筋斗云,但因为孙悟空比较调皮,在与师兄弟比试的时候,变成一个松树,被菩提老祖给撵下山。
并且告诉孙悟空,在以后不论发生何事都不准提自己的名字,但孙悟空后来却提了4次,都没有任何关系,还学会了长生不老之术,可是等回花果山去到阎王殿的时候,却发现只有342岁。
这些都是非常奇怪的事情,最奇怪的还是如来佛祖,都不知道菩提师祖的存在,所以关于菩提祖师的身份一直都是比较有争议的,有说是如来有说是太上老君,还有说是观音幻化的,但其实都不是的。菩提祖师是在方寸山,名字是斜月三星洞再加上他的名字,菩提本身就是有大智慧的意思,所以也证明了菩提祖师其实就是孙悟空的心头之师。
在原著之中还有一个证明,当时在第2回曾提到明星大法师,其实这是菩提祖师的另一个称号。也代表真心,真性不生不灭的本性,其实也代表了不忘初心。